Платежи осуществляются через защищённое соединение после введения e-mail и пароля, указанных после подтверждения аккаунта. В понятие аккаунт входит адрес, по которому будут доставляться покупки. Пользователи PayPal могут переводить деньги друг другу.

Подтверждение аккаунта включает в себя процедуру снятия денег с карты пользователя с указанием кода, который необходимо сообщить PayPal, что подтверждает идентичность владельца карты, имеющего доступ к истории платежей, личности, вводящей пароль и остальные данные в систему Paypal.

В 2007 году был открыт доступ в эту систему и для жителей стран СНГ (без права приёма платежей). До 2005 года при обнаружении таких аккаунтов счета обычно замораживались. Разницы между статусами в странах СНГ, в отличие от большинства других стран, нет. С ноября 2008 года в PayPal появился русскоязычный интерфейс.

Использование системы PayPal осуществляется на бесплатной основе: регистрация в системе бесплатна, за отправление денежных средств комиссия с пользователя не снимается, за исключением привилегированных статусов (Premier и Business). Комиссия взимается с получателя платежа, размер комиссии зависит от местоположения страны пользователя и статуса.